Становлению музея как государственного учреждения культуры предшествовало массовое движение краеведов-любителей в городе во главе с энтузиастом краеведения, председателем горплана Петром Николаевичем Барабановым. Благодаря их усилиям в 1969 году был создан Народный музей. Первым директором музея стала Малофеевская Любовь Никитична, проработавшая в этой должности до 1984 года.

В 1980 году музей переезжает в отдельное помещение по ул. Куратова 28. С этого момента, значительно активизировалась работа музея. Строятся полнопрофильные стационарные экспозиции, активно ведется экспедиционная работа.

В 1992 году Интинский краеведческий музей становится самостоятельным учреждением, а в 1993 году в его структуру на правах филиала входит Петруньский историко-этнографический музей. В 2000 году при музее создается дирекция Абезьского историко-мемориального комплекса для создания в п. Абезь филиала музея.

С января 2012 года в составе музея появилось новое структурное подразделение «Музей истории политических репрессий», который расположен в водонапорной башне по адресу ул. Чайковского.
В настоящее время Интинский краеведческий музей располагается в двух зданиях: экспозиционный комплекс по ул. Куратова 28, фондовый комплекс по ул. Куратова 36.

Полнопрофильная экспозиция Интинского музея, размещенная в восьми экспозиционных залах, общей площадью 500 кв.м, отражает культуру, быт, историю и природу региона.